Bueno, no se si te servirá o no pero yo, que he estado haciendo un sinfin de pruebas instalando distintos sistemas operativos, las iso las he cargado siempre usando Unebootin que es una aplicación libre sencillísima de usar. Sólo tienes que indicarle la ruta de tu iso y el puerto usb donde tienes el pendrive. Vuelca la iso y te hace autorrancable el pendrive. Aunque lo uso siempre bajo linux, veo que tb hay un enlace para windows.
Por cierto, aunque ya lo dije en otro sitio, después de muchas pruebas me he quedado con LinuxMint. Os lo recomiendo.
Espero que te sirva.