Si lo tienes activado para que se inicie a la vez que el ordenador no sé como hacer para que se desactive automáticamente. Puede desactivarlo tú manualmente con el comnado que ahora no recuerdo pero que está por el foro, pero claro, no vas a estar siempre que enciendes el ordenador poniéndolo.
Lo que sí que te digo es que trasteándolo, llega un momento en que aparecen los bordes de las ventanas, igual que se fueron. No sé qué toqué ni qué hice, pero me volvieron a aparecer, así que prueba activando y desactivando opciones hasta que vuelvan a aparecer.