Es cierto. En discos muy grandes, el CD de instalación de Windows XP SP3 no permite formatear en FAT32, y no porque es disco no lo soporte, sino porque no le da la gana. Creo que el límite son los 32 GB.
En mi caso aun no recuerdo muy bien cómo lo hice, pero se trata de crear primero una partición única y formatearla en FAT32, y depués instalar el Windows XP SP3 con la opción de dejar intacto el sistema de ficheros. Así si te deja, pero no te lo va a formatear él.
Para crear una particion única y formatearla en FAT32 tienes varias opciones, desde crear un USB de arranque con MS-DOS, FDISK (con soporte para discos grandes) y FORMAT (con soporte para FAT32), hasta usar simplemente el CD de instalaciónde Windows XP SP1 o SP2. La segunda opción es mucho más facil. Tras crea la partición y formatear, no instales ese Windows, sino que arrancas con el CD del SP3 y sigues.