Desinstalar aplicaciones en linpus

Holas de nuevo,
He observado que al instalar y desinstalar algunos programas en linpus se producen errores con las dependencias (no entiendo mucho de linux, espero no estar diciendo pamplinas). Concretamente en una de las ocasiones dejaron de funcionarme las conexiones usb y las entradas de las tarjetas de memoria, obligandome a reinstalar el linpus, asuntillo bastante molesto. Como consecuencia ahora me da cosa desinstalar nada, pero por otra parte no puedo dejar todo lo que instalo eternamente en la memoria interna del one, mas q nada pq tengo la version de 8 gigas, y tb pq algunas de las cosas q he instalado no me funcionan, y me estan ocupando espacio innecesariamente.

Alguien tiene alguna solucion para esto
Por otra parte, no hay ninguna forma de instalar los programas y juegos etc en un pendrive por ejemplo en lugar de en la memoria interna del chiquiturrio? Por que pienso que esa podria ser una solucion... asi si un programa no te va bien o no es lo q esperabas lo borras del pen y a correr viento... y si cumple tus expectativas y te convence pues siempre tienes la opcion de instalarlo en la memoria ssd.

Como siempre, gracias de antemano para todo aquel que diga algo xD
Saludos aspireonenianos!

Me ha pasado lo mismo al desistalar el GIMP, he perdido los usb... y no sé qué hacer ni cómo volverlos a "activar"... alguna pista de los gurus de linux?
Gracias