En la práctica, su función es igual. La diferencia consiste en que este programa te proporciona más funcionalidades, por ejemplo: Te permite personalizar tus ecuaciones, de manera que con un solo clic puedas agregar una larga ecuación; personalizar un tipo de letra y tamaño; agregar colores; también incorpora la funcionalidad de numerar las ecuaciones, como en los libros: "Ecuación 3.7".
Saludos!